在多年的競賽過程中，醫策會發現醫療機構在經歷領導人異動時可能影響參賽團隊的參與度及表現，各參賽團隊提出的改善主題範圍有越來越大的差異，也發現好的改善措施應該有良好的制度維持，所以在2008年（第7屆）設立「醫療機構推行特別獎」（即現行「系統類」）的前身，由醫品圈組及品質改善組入選決賽之機構自選是否參加該獎項之評比（不需額外繳費），欲參加評比之機構需繳交之書面資料，並與原入選決賽團隊同日進行實地評審，評審項目包括「機構領導者之支持程度」、「機構品質管理推行組織之績效與貢獻」、「機構全面品質文化的塑造策略」、「機構推行品質管理之資訊應用策略」及「機構推行成果(含機構積分) 」。
經過「醫療機構推行特別獎」的辦理經驗，醫策會發現不只機構需要有系統地推行及維持品質，領導人支持程度及組織單位投入資源多寡，也是影響醫療團隊參與品質活動意願的重要因素，因此單位部門也應該有專屬之品質運作系統，且評審程序也需要更嚴謹、專注，不適合與主題類決賽團隊的改善活動合併實地評審，因此於2008年（第8屆）將此獎項改為獨立之競賽類別「品質提升系統類」（第11屆簡化名稱為「系統類」），下設「機構推行組」與「單位推行組」，希望藉由此類競賽，鼓勵醫院重視及落實全面品提升策略、制度與運作。
於2016年（第17屆）為激勵機構或單位以創新研發提昇醫療品質，發展卓越特色醫療服務，並秉持「持續改善」、「管理循環」及「團隊運作」的精神，以系統性的方式進行機構或單位之品質改善，同時為機構內的改善團隊建置實質的支持系統，以維護品質改善成效對於組織正向的品質績效，調整系統類的競賽架構，系統類組別調整為：「卓越中心組」、「卓越社區機構組」及維持原「機構推行組」。期待醫療相關機構及單位能使用品質改善方法及策略以系統性提升品質。
「主題類」與「系統類」不只是HQIC競賽的根基，其競賽精神套用到醫院的品質運作，也能相輔相成—由下而上發掘及改善問題、由上而下促進持續改善、管理循環及團隊運作，讓機構及部門成為醫療團隊從事專業及品質改善活動的最佳後盾。