2003年全球面臨嚴重急性呼吸道症候群（SARS）的挑戰，我國醫療及防疫體系受到極大衝擊，在此之後，政府部門針對原有的感管措施進行檢視及修訂，並依傳染病防治法第32條第2項，訂定醫療機構執行感染控制措施查核辦法，於2005年開始辦理全國醫院感染管制查核作業，期能提升醫界對感管之重視，保障病人就醫安全。

過去醫院感染管制查核作業係由各縣市衛生局主導負責轄區內醫院之查核/複查及督導改善等業務，為使查核作業流程、標準及結果更具公信力，疾病管制局於2008年首次委託醫策會執行「醫院感染控制查核作業品質提升計畫」，藉此建立查核作業標準化之模式、強化基準共識，於2009、2010年更持續進行查核委員遴聘與訓練制度、基準研修、委員評核制度等作業之制定，並辦理一系列教育訓練提供地方主管機關與醫院人員參與。期望經由計畫運作提升查核作業品質及效率，促使醫院落實醫療照護相關感染監測、傳染病通報及院內感染管制預防措施。