依據經濟部人體研究倫理審查委員會查核作業程序，當年度查核對象由經濟部產業發展署通知，申請機構應於經濟部產業發展署公布之申請日期內提出申請，請至經濟部產業發展署網頁或本會網頁「參考資料」下載填寫「申請書」、「必要標準作業程序確認書」及「自評資料表」等表件，並加蓋召集人簽章及審查會關防或機構關防，由專人送達或掛號郵寄（以郵戳為憑）至經濟部產業發展署提出申請，逾期不予受理。
經濟部人體研究倫理審查委員會查核作業申請流程如下圖：