由醫療機構提出申請。受文者正本為衛生福利部；副本為財團法人醫院評鑑暨醫療品質策進會；新申請案須至衛生福利部「實驗室開發檢測登錄管理系統」登錄申請資料；變更申請及效期展延申請須備妥相關文件。

 行政審查：由醫策會審查申請案之資格及文件完備性。

 機構補件作業，應於規定之期限內完成，並以補件一次為原則。

 實質審查：依檢測項目之類別進行計畫書技術性內容審查。

 專案及一般申請案之第一類檢測項目案件提至審查會議討論；第二類及第三類檢測項目案件提至審查會議備查。

 審查結果最終由衛生福利部發函通知醫療機構核准結果。